Крысиный Король собирает коалицию злодеев и запускает план уничтожения Нью-Йорка. Черепашки под неожиданным командованием Шреддера разлетаются по городу и другим измерениям — искать союзников, пока Мутант-Таун остаётся без защиты и становится мишенью для провокаций. Читается как военный триллер с привкусом апокалипсиса: враги уже действуют, союзники ненадёжны, а бывший главный злодей теперь ведёт команду. Напоминает финальный сезон долгого сериала, где все старые счёты наконец предъявляются к оплате.